Um protocolo de investigação que distingue entre abordagens de "caixa preta", onde o pesquisador manipula um desconhecido e abordagens "caixa branca", onde o conhecimento de como algo funciona determina os métodos usados para estudá-lo. Geral, limites de ecologia-se métodos de caixa preta observando eventos naturais do lado de fora, "objetivamente", Considerando que a ecologia profunda, ecopsychology e outras perspectivas mais interativas se esforçam para estar em contato com o funcionamento interno da natureza.