Metoda oddělování velké molekuly (např. fragmenty DNA nebo proteiny) ze směsi podobných molekul. Elektrický proud prochází přes médium obsahující směs, a každý druh molekuly cestuje prostřednictvím různých rychlostí, podle její elektrický náboj a velikost. Agarose a akrylamid gely jsou prostředky běžně používané pro elektroforéza bílkovin a nukleových kyselin.